Tendo em vista a organização e a transparência no processo de gestão da EJEC,  suas atividades foram alocadas conforme temática e esquematizadas num modelo de Programas, nesses, um conjunto de ações contínuas e permanentes se sucedem para o alcance de uma meta específica definida e institucionalizada mediante Resolução.

São programas da EJEC:

• Programa Eleitor(a) do Futuro
• Programa de Educação Continuada em Direito e Processo Eleitoral
• Programa de Valorização do(a) Mesário(a)
• Programa de Difusão Cultural
• Programa de Preservação da Memória