O Plenário atua como o órgão colegiado superior do Tribunal, composto por sete desembargadores(as) eleitorais, englobando a Presidência (PRESI), unidade executiva que suporta as competências da autoridade responsável por dirigir os trabalhos da Corte, e a Vice-Presidência, que é exercida cumulativamente com a Corregedoria Regional Eleitoral (CRE), instância fiscalizadora, disciplinadora e orientadora dos serviços eleitorais em todo o Estado.

A estrutura organizacional compreende ainda as seguintes unidades executivas:

• Ouvidoria Regional Eleitoral (OUVIR), que atua como instância de relacionamento com a sociedade;
• Escola Judiciária Eleitoral Cearense (EJEC) voltada à formação continuada em Direito Eleitoral e à educação para a cidadania; e
• Diretoria-Geral (DIGER), responsável por coordenar, dirigir e controlar as atividades administrativas da Secretaria necessárias ao funcionamento do Tribunal.

A estrutura da Presidência (PRESI) é formada por unidades estratégicas de suporte direto que viabilizam a execução do programa de gestão da autoridade eleita, compreendendo o Juiz(a) Auxiliar da Presidência (JAPRE), responsável pelo auxílio em matérias jurídicas e administrativas, e a Secretaria da Presidência (SPR), que presta apoio estratégico.

Além destas, integram a estrutura a Coordenadoria de Auditoria Interna (COAUD), instância de governança voltada à avaliação e consultoria para melhoria das operações, e o Laboratório de Inovação, Inteligência e Objetivos de Desenvolvimento Sustentável (LIODS), focado na difusão da cultura de inovação e experimentação de soluções.

A Corregedoria Regional Eleitoral (CRE), órgão fiscalizador e orientador dos serviços eleitorais, organiza-se administrativamente através da Secretaria da Corregedoria Regional Eleitoral (SCR), responsável por coordenar e supervisionar as atividades de suporte. Integram a estrutura de apoio imediato e assessoramento o Gabinete da Corregedoria Regional Eleitoral (GACRE), a Assessoria da Vice-Presidência (ASVIC) e a Assessoria de Orientação às Zonas Eleitorais (ASZEL), esta última focada no suporte direto às atividades cartorárias.

Para a execução técnica e operacional de suas competências, a Corregedoria divide-se em duas áreas: a Coordenadoria de Assuntos Jurídicos e Correcionais (CAJUC), composta pela Seção de Processos de Competência Originária (SEPCO) e pela Seção de Orientação, Inspeções e Correições Eleitorais (SEOCE); e a Coordenadoria de Gestão e Fiscalização do Cadastro Eleitoral (COFIC), que engloba o Núcleo de Gestão dos Sistemas do Cadastro Eleitoral (NSC), a Seção de Orientação, Supervisão e Fiscalização do Cadastro (SOSFI) e a Seção de Direitos Políticos e Regularização de Situação Eleitoral (SEDIP).

A Ouvidoria Regional Eleitoral (OUVIR) organiza-se como unidade de nível executivo, liderada pelo(a) Ouvidor(a) Regional Eleitoral, integrando em sua composição a Ouvidoria da Mulher (OM). Esta última, sob a coordenação da Ouvidora da Mulher, atua especificamente como canal de escuta ativa para o recebimento de reclamações e notícias relacionadas à violência contra a mulher nas suas variadas formas.

Para o suporte operacional e estratégico, a estrutura compreende a Assessoria da Ouvidoria Regional Eleitoral (ASOUV), responsável por gerenciar os canais de acesso e o Serviço de Informação ao Cidadão (SIC), realizar o atendimento aos usuários e monitorar o cumprimento de prazos. Completa a organização o Núcleo de Governança e Apoio ao Cumprimento de Metas e Estratégias (NGOUV), unidade encarregada de atuar na organização de dados estatísticos e relatórios de gestão.

A Escola Judiciária Eleitoral Cearense (EJEC) constitui-se como unidade executiva vinculada à Presidência, sendo dirigida por um(a) Diretor(a) eleito(a) dentre os membros da Corte, cuja gestão é apoiada pela Coordenadoria da Escola Judiciária Eleitoral Cearense (CEJEC), responsável por coordenar as atividades pedagógicas e administrativas. A missão da Escola abrange a promoção de especialização continuada em Direito Eleitoral para magistrados(as) e servidores(as), bem como o desenvolvimento de ações institucionais de cidadania e fomento à pesquisa científica.

Para a execução de suas competências, a estrutura administrativa da EJEC subdivide-se em unidades especializadas: a Seção de Programas Institucionais (SEPRI), voltada à execução de projetos de educação política como o "Eleitor do Futuro"; o Núcleo de Pesquisa e Estudos Eleitorais Avançados (NEP), que gerencia grupos de estudo e produção científica; a Seção de Editorações e Publicações (SEDIT), responsável pelo plano de publicações e pela revista Suffragium; e a Seção de Memória Eleitoral e Biblioteca (SEMEB), encarregada da preservação do patrimônio histórico e gestão do acervo bibliográfico.

A Diretoria-Geral (DIGER) figura como a unidade executiva encarregada de coordenar, dirigir e controlar as atividades da Secretaria do Tribunal, organizando-se em unidades estratégicas de atuação administrativa denominadas Secretarias. Compõem esse eixo estruturante a Secretaria Judiciária (SJU), a Secretaria de Tecnologia da Informação e Comunicação (STI), a Secretaria de Administração (SAD), a Secretaria de Gestão de Pessoas (SGP), a Secretaria de Orçamento e Finanças (SOF) e a Secretaria de Eleições, Atendimento ao Eleitor e Cidadania (SEC).

Para o apoio direto e assessoramento técnico à governança, a DIGER conta com o Gabinete da Diretoria-Geral e a Assessoria da Diretoria-Geral, além de unidades especializadas de suporte à gestão. Integram esse grupo a Assessoria de Acompanhamento da Gestão; a Assessoria de Acessibilidade, Sustentabilidade, Compliance, Integridade e Riscos; e a Assessoria de Planejamento, Estratégia e Gestão. Completam a estrutura as assessorias focadas na análise técnica de processos administrativos: a Assessoria de Análise de Processos de Pessoal e a Assessoria de Análise de Processos de Contratações.

A Secretaria de Eleições, Atendimento ao Eleitor e Cidadania (SEC) figura como unidade estratégica responsável por planejar e controlar as atividades relacionadas às eleições oficiais, ao atendimento ao eleitor e às ações de cidadania, contando com o suporte administrativo do Gabinete da Secretaria (GASEC). Para assegurar o alinhamento estratégico e a conformidade dos processos, a estrutura inclui a Assessoria de Governança de Eleições (ASGEL), encarregada de monitorar a execução das ações eleitorais e gerenciar indicadores de desempenho. O desdobramento tático de suas atribuições ocorre por meio de duas coordenações: a Coordenadoria de Atendimento ao Eleitor e Cidadania (COATE) e a Coordenadoria de Eleições (COELE).

A estrutura operacional vinculada à COATE abrange a Seção de Apoio ao Atendimento Eleitoral (SAATE), a Seção de Gerenciamento do Cadastro Eleitoral (SECAD) e a Seção de Administração das Unidades de Atendimento e Ações de Cidadania (SEAUC), cobrindo desde o suporte técnico até a supervisão de unidades descentralizadas. Já sob a gestão da COELE, encontram-se as unidades focadas na logística do pleito: a Seção de Planejamento e Gerenciamento de Eleições (SEPEL), responsável pela definição de cronogramas e planos, e a Seção de Administração e Empréstimo de Urnas Eletrônicas (URNAS), que gere a manutenção e distribuição dos equipamentos de votação.

A Secretaria Judiciária (SJU) atua como unidade estratégica responsável pelo planejamento e controle das atividades processuais do Tribunal, sendo assistida administrativamente pelo Gabinete da Secretaria Judiciária (GASEJ) e tecnicamente pela Assessoria de Governança Judiciária (ASGOJ), focada na gestão de dados processuais. Para a execução de suas atividades finalísticas, a estrutura divide-se em coordenadorias táticas, iniciando-se pela Coordenadoria de Prestação de Contas e Dados Partidários (COPED), que engloba a Seção de Contas Eleitorais e Partidárias (SECEP) e a Seção de Gerenciamento de Dados Partidários (SEDAP). Soma-se a esta a Coordenadoria de Processamento (CPROC), responsável pela tramitação e autuação dos feitos por meio da Seção de Processamento (SPROC), da Seção de Cumprimento e Execução (SECEX) e da Seção de Autuação, Distribuição e Suporte ao Processo Judicial Eletrônico (SADIS).

A organização contempla ainda a Coordenadoria de Sessões e Jurisprudência (COSEJ), encarregada do apoio às sessões plenárias e gestão jurisprudencial através da Seção de Acórdãos e Resoluções (SEARE) e da Seção de Jurisprudência e Legislação (SEJUL). Por fim, a Coordenadoria Judiciária do 1º Grau (COJUD) dedica-se ao suporte das zonas eleitorais, estruturando-se na Seção de Ações Cíveis Eleitorais do 1º Grau (SEACE), na Seção Criminal do 1º Grau (SCRIM) e na Seção de Cumprimento de Sentença e Execução Fiscal do 1º Grau (SECEF), garantindo o apoio especializado às unidades de primeira instância.

A Secretaria de Gestão de Pessoas (SGP) atua como unidade estratégica responsável por planejar e coordenar o desenvolvimento humano, a saúde ocupacional e a administração de pessoal, contando com o suporte administrativo do Gabinete da Secretaria de Gestão de Pessoas (GAGEP). Para o assessoramento especializado e estratégico, a estrutura dispõe da Assessoria de Atenção à Saúde e à Qualidade de Vida no Trabalho (ASAUD), focada na gestão dos serviços de saúde e políticas ocupacionais, e da Assessoria Jurídica e de Governança de Pessoal (ASGOP), encarregada do suporte jurídico e da conformidade normativa nas matérias de pessoal.

A execução tática das atividades é distribuída em três coordenadorias principais: a Coordenadoria de Pessoal (COPES), que gerencia registros funcionais, frequência e inativos através de unidades como a Seção de Registros Funcionais (SEREF) e a Seção de Averbações, Aposentadorias e Pensões (SEAPE); a Coordenadoria de Educação e Desenvolvimento (COEDE), voltada à capacitação e gestão de desempenho por meio da Seção de Capacitação (SECAP) e da Seção de Gestão de Movimentação, Competências e Desempenho (SECOD); e a Coordenadoria de Pagamento (COPAG), responsável pela folha de pagamento e dados fiscais, englobando unidades como a Seção de Pagamento (SEPAG), o Núcleo de Gestão do eSocial (NGE) e o Núcleo de Benefícios (NBN).

A Secretaria de Administração (SAD) configura-se como unidade estratégica responsável pelo planejamento e controle das licitações, contratações, gestão patrimonial e serviços gerais, contando com o apoio administrativo do Gabinete da Secretaria de Administração (GASEA) e o suporte técnico da Assessoria de Governança e Apoio aos Polos Administrativos (ASGAP). A gestão das compras públicas é centralizada na Coordenadoria de Gestão de Aquisições, Licitações e Contratos (COGEL), que coordena os certames e formalizações por meio da Seção de Licitações (SELIC), da Seção de Contratos (SECON) e da Seção de Análise de Preços (SANAP).

No âmbito da infraestrutura e logística, a estrutura conta com a Coordenadoria de Apoio Administrativo (COAPA), que gerencia a frota, a manutenção e as obras através da Seção de Administração Predial (SAPRE), do Núcleo de Transportes (NTR), da Seção de Arquitetura e Engenharia (SAREN) e da Seção de Manutenção (SEMAN). Por fim, a Coordenadoria de Gestão de Ativos (COGEA) assegura o controle patrimonial e documental, supervisionando a Seção de Almoxarifado (SEALX), a Seção de Controle Patrimonial (SEPAT), a Seção de Gestão de Contratos de Terceirização (SECOT), o Núcleo de Protocolo e Expedição (NPX) e o Núcleo de Arquivo e Gestão Documental (ARQ).

A Secretaria de Tecnologia da Informação e Comunicação (STI) atua como unidade estratégica de apoio técnico e desenvolvimento de soluções digitais, contando com o suporte administrativo do Gabinete (GASTI) e o assessoramento especializado da Assessoria de Cibersegurança (CIBER), responsável pela proteção dos dados institucionais. Na vertente de gestão e suporte físico, a estrutura compõe-se pela Coordenadoria de Governança e Gestão de TIC (COGOV), que gerencia aquisições e projetos através da Seção de Gestão e Administração de TIC (SEGAT) e da Seção de Projetos e Processos de TIC (SPROJ), e pela Coordenadoria de Infraestrutura de TIC (COINT), que assegura a disponibilidade de redes e equipamentos por meio da Seção de Suporte a Redes (REDES), da Seção de Suporte e Atendimento ao Usuário (SESAT), do Núcleo de Gestão de Banco de Dados (NBD) e da Seção de Gestão de Ativos de TIC (SATIC).

Para o desenvolvimento e manutenção de softwares, a Secretaria organiza-se através da Coordenadoria de Sistemas (COSIS), responsável por dirigir a evolução das soluções informatizadas. Esta coordenadoria abrange unidades operacionais especializadas: a Seção de Desenvolvimento de Soluções Corporativas (SEDSC) e a Seção de Gestão Web (SEWEB), focadas na criação e gestão de sistemas e portais; a Seção de Administração de Dados e BI (SADAD), voltada para inteligência de dados; o Núcleo de Implantação de Sistemas (NIS), que cuida da configuração de servidores de aplicação; e o Núcleo de Inteligência Artificial (NIA), dedicado à modernização processual via automação inteligente.

A Secretaria de Orçamento e Finanças (SOF) atua como unidade estratégica responsável pelo planejamento, organização e controle das atividades orçamentárias e financeiras, além da conformidade contábil do Tribunal. Para a execução das atividades financeiras e contábeis, a estrutura conta com a Coordenadoria Contábil e Financeira (CCOFI), que supervisiona o Núcleo de Diárias e Contas Vinculadas (NDC), a Seção de Análise e Conformidade Contábil (SANAC), a Seção de Contabilidade (SCONT) e a Seção de Programação e Execução Financeira (SEPEF), cobrindo desde a gestão de diárias até o registro de atos contábeis e fluxo financeiro.

No âmbito do planejamento e execução do orçamento, a estrutura organiza-se através da Coordenadoria de Orçamento (COORC), encarregada de gerenciar o orçamento anual e de pleitos, bem como acompanhar contratos continuados e empenhos. Esta coordenadoria atua por meio de unidades operacionais específicas: a Seção de Execução Orçamentária (SEORC), responsável pelo registro de notas de empenho e acompanhamento de despesas, e a Seção de Programação Orçamentária (SEPRO), que consolida as informações para a elaboração orçamentária e monitora alterações necessárias.